Nyelv :
SWEWE Tag :Bejelentkezés |Bejegyzés
Keresés
Enciklopédia közösség |Enciklopédia válaszok |Küldje el kérdését |Szókincs |Feltöltés ismeretek
Előző 1 Következő Válassza ki a Pages

Gene azonosítás

Gene azonosítása bioinformatikai fontos ága a biológiai kísérletek vagy a számítógép más módon azonosítani a DNS-szekvenciafragmensek biológiai tulajdonságokkal. Gén azonosítása célja elsődlegesen a fehérje-kódoló gének, hanem más tényezőket is, amelyek egy bizonyos biológiai funkciók, mint például RNS-gének és szabályozási tényezők. Gene azonosítása genomikai kutatások.

Rövid bevezetés

Az elsődleges eszköze a gén azonosítás alapja egy élő sejt vagy szervezet kísérletek. A számos különböző gén homológ rekombináció aránya statisztikai elemzés, akkor tudják, hogy a rend a kromoszómán. Ha nagyszámú hasonló, meg tudjuk határozni a hozzávetőleges helyét minden gént. Nos, azért, mert az emberek tettek szert hatalmas mennyiségű genetikai információ, támaszkodva a lassabb kísérleti elemzése gén azonosítás nem volt képes megfelelni az igényeinek a számítógép-alapú gén azonosítás algoritmust jelentős fejlődés vált elsődleges eszköze a gén azonosítása.Azonosítása a biológiai funkció a töredék, és a töredék határozza (vagy egy ennek megfelelő termék) függvényt két különböző fogalom, ami általában kell génkiütéses kísérleti jelent dönteni. Azonban élvonalbeli kutatás bioinformatikai teszi a gén szekvenciája előrejelzése gén funkciója egyre lehetséges.

Felismerés

Közvetett azonosítási módszer

Közvetett módszerek gén azonosítása (extrinsic Approach), a használó emberek ismert szekvenciája mRNS vagy fehérje a DNS-szekvencia keresni nyomokat, hogy a hozzá tartozó klip. Által adott, mint a mRNS-szekvencia meghatározza a másolás forrását egyedi DNS-szekvencia; által adott fehérje szekvenciák lehet meghatározni egy család lehetséges kodon invertált DNS-szekvenciákat. Ezért a keresési nyomokat kéri viszonylag egyszerű dolgom keresési algoritmus kulcsa a hatékonyság javítása és képes tolerálni hiányos vagy pontatlan miatt szekvenálás okozott hibák. BLAST a legszélesebb körben használt erre a célra az egyik a szoftver.

Ha a DNS-szekvencia egy töredéke a mRNS vagy fehérje-szekvenciák nagymértékben hasonlóak, jelezve, hogy a DNS-fragmentum valószínűleg fehérjét kódoló gének. Azonban, a meghatározást az mRNS vagy protein szekvenciák költséges és komplex organizmusok, önkényesen meghatározott idő gyakran csak egy része a gén expresszálódik. Ez azt jelenti, hogy bármely egyetlen sejt mRNS és fehérje csak akkor kap egy kis része a genetikai információ, annak érdekében, hogy minél több információt teljes volt, hogy több száz sejtek különböző állapotainak mRNS és protein szekvenálással. Ez elég nehéz. Például egyes emberi gének csak az embrionális vagy magzati időszakban, mielőtt kifejtett kutatási tárgya lesz az erkölcsi tényezők.

A nehézségek ellenére, bizonyos közös az emberek és szervezetek, mint a kísérleti egerek és élesztő, hogy létrehozott egy több transzkripció és fehérje szekvencia adatbázisok. Mint például RefSeq adatbázis Ensembl adatbázis stb Azonban ezek az adatbázisok hiányosak voltak, tartalmaz jelentős számú hibát.

Ab initio

Tekintettel a hiányosságok közvetett azonosítási módszer, csak a DNS-szekvencia információ megjósolni fehérjét kódoló gének ab initio (Eleve Approach) ez nagyon fontos. Általános értelemben gén kétféle jellegét, jellemzi egy osztály "jel", egy sorozat speciális, gyakran körül jelzi, hogy létezik egy gén, a másik jellemzője a "tartalom", vagyis a fehérjét kódoló gének néhány statisztikai jellemzőit. Használata ab initio módszerekkel gének azonosítására, más néven gén előrejelzést. Általában mi kell még, hogy megbecsüljék a DNS-fragmentum kísérletek megerősítették, hogy a biológiai funkciókat.

A prokarióták, a gén gyakran egyedi és könnyen felismerhető egy promoter szekvenciát (jel), és a transzkripciós faktorok, mint például a Pribnow mezőbe. Ugyanakkor, a fehérje kódoló szekvenciáját alkotó egy folytonos nyitott leolvasási keret (tartalom), és annak hossza mintegy száz ezer bázispár (hosszától függően az intervallum szűrheti a megfelelő kodonok). Ezen túlmenően, a fehérjét kódoló prokarióta is könnyen azonosítható számos más statisztikai jellemzőit. Ez teszi a prokarióta gén predikciós eléréséhez viszonylag nagy pontossággal.

Az eukarióták (különösen összetett szervezetek, mint az emberek) gén előrejelzés nagy kihívást jelent. Egyrészt, az eukariótákban a promoter és egyéb vezérlőjelek bonyolultabb, még nem tisztázott. Két eukarióta gént azonosítottunk kereső jelet példákat CpG-szigetek és a poli (A) farok a kötőhelyek.

Másrészt, amint az a splicing mechanizmus eukarióták, a fehérjét kódoló gén szekvenciája van osztva több szegmensre (exon), elválasztva nem kódoló szekvenciákat csatlakozás (intronok). A normális humán protein-kódoló géneket lehet osztani tíz exont, amelynek a hossza az egyes exon kevesebb mint 200 bázispár, és néhány lehet több tucat három exon bázispár hosszú. Így néhány statisztikai jellemzőit fehérjét kódoló lesz nehéz megkülönböztetni.

Advanced gén azonosítása algoritmusok gyakran összetettebb valószínűségi modellek, mint például a rejtett Markov modellek. Glimmer egy széles körben használt magas szintű gén azonosítási eljárások, azt jósolta, gének prokarióták nagyon pontos, míg előrejelzések eukarióták korlátozott hatása. GENSCAN program egy figyelemre méltó példa.

Összehasonlító genomika megközelítés

Mivel több faj genom szekvencia már teljesen mérhető, hogy az összehasonlító genomika kifejlesztésére és gyártására egy új gén azonosítási módszer. Ez a módszer azon alapul, a következő elv: a természetes szelekciós gént, és a DNS-szekvencia, amely a biológiai funkciója a többi fragmens lassabb, mint a másik része egy arányú ingadozást variációs az előbbiek nagyobb valószínűséggel befolyásolja hátrányosan a túlélés a szervezet, és az így nehezen kap mentett. Így a DNS-szekvenciák összehasonlításával kapcsolódó fajok, akkor szerezzen új vezet megjósolt gének. 2003-ban, bizonyos típusú élesztő genom összehasonlítás, az emberi gén azonosítása eredményeket az eredeti tett jelentős módosításokat, hasonló megközelítést is használják az emberi genom kutatás, és a jövőben több évre eredményeket elérni.

Hasonló azonosított gének egy új mechanizmus,

"Journal of Physical ChemistryB" 2008 年 január 1-jei, 24, egy új tanulmány szerint, még ha nincs is fehérjék vagy más biológiai molekulák segítségével, a gének is képesek megtalálni távoli "barátok és a család" - vagyis azok, annak nukleotid szekvencia hasonlóság gének. Ez az eredmény is mutatja, ahhoz hasonlóan, ahogy gének házkutatást egymást, majd gyűlt össze az evolúció a faj szerkezetátalakítási folyamat.

Az eredmények azt mutatják, hogy a lineáris kettős spirál DNS, amely a gént, más gének azonosítására hasonló bázis.

Keresés egymással, a kölcsönös kapcsolatos gének azonosítására egymással és a legfontosabb. Csak miután gén azonosítása és közös lehet kezdeni a folyamatot a homológ rekombináció, ami közel áll a kettős spirál DNS molekula, feltétel nélküli és cseréje néhány genetikai információt, majd becsukta ismét maga a folyamat.

Szerkezetátalakítási az evolúció és a természetes kiválasztódás kulcsszerepet játszik, és egyben a legfontosabb eszköz javítás DNS-károsodás in vivo, egy nagyon fontos folyamat reakció. Ezt megelőzően, a tudósok nem tudják pontosan, mikor ez a folyamat elindul, megfelelő bázispár, hogyan kell keresni gének egymással.

A kutatócsoport a két először 2001-ben javasolt, az azonos hosszúságú kettős szálú DNS fragmentumokat azonosítani egymást, csak azért, mert mindketten folytatni kiegészítő díj eredményeket. A szerzők az új tanulmány a kísérletsorozatot az elmélet. Azt akarják, hogy ellenőrizzék, nincs közvetlen kapcsolat a két molekula között, vagy nem támogatja a fehérje jelenlétét, az ilyen felfedezés folyamat még zajlik.

Korábbi vizsgálatok arra utaltak, hogy csak 10 bázispár rövid láncú DNS, fehérje azonosítása között. Ez az új tanulmány azt mutatja, hogy több száz bázispár hosszú láncú DNS-szál, a körülmények hiányában a fehérje, úgy tűnik, hogy képes legyen azonosítani egymást egészére. Ezen elmélet szerint, a hosszabb gén azonosítása erősebb mechanikus.

A kutatók megfigyelték a fluoreszcensen jelölt DNS-molekulák a tiszta oldat viselkedését. Azt találták, hogy egy másik sorozata DNS-molekulák, mint az azonos alap jön össze DNS molekula körülbelül kétszer olyan valószínű.

Imperial College London professzora AlexeiKornyshev, egyik szerzője a tanulmány, hogy tisztázza a jelentősége a tanulmány eredményeit: "Egy zsúfolt csoportban, nincs külső segítség, az azonos DNS molekula képes legyen megtalálni egymást. Figyelték meg az ezen a ponton nagyon izgalmas. Ez biztosítja a lendületet hasonló gén, úgy, hogy nincs fehérje vagy egyéb biológiai tényezők, a kezdetektől a szerkezetátalakítási folyamat bonyolult. Az eredmények a csoport tűnik, összhangban van a spekuláció. "

Megértése genetikai rekombináció első lépés a pontos azonosítása mechanizmus segít megmagyarázni az evolúció, a természetes kiválasztódás és a DNS-javítás folyamatát, a szervezet hogyan csökkentheti átszervezés hibákat. Ez azért fontos, mivel az ilyen hibákat tartják öregedés, és sok ideértve a rákot és bizonyos betegségek, köztük Alzheimer-kór genetikai okai. Megértése ezek a mechanizmusok, a jövőben a biotechnológia és a génterápia humán rekombináns pontosan szükséges.

A csapat jelenleg folytatja további kísérleti munkát, hogy pontosan meghatározni, hogy ezek a kölcsönhatások, például a várható időtartamát DNS-függő. Ezen kívül, további kutatásokra van szükség annak megállapítására, a kölcsönhatás az in vitro eredmények is előfordul az élő sejtek rendkívül összetett környezetben.


Előző 1 Következő Válassza ki a Pages
Használó Felülvizsgálati
Nincs még hozzászólás
Én is kommentálom [Látogató (44.199.*.*) | Bejelentkezés ]

Nyelv :
| Ellenőrző kód :


Keresés

版权申明 | 隐私权政策 | Szerzői jog @2018 A világ enciklopédikus tudás