Alapelv
EST (kifejezve Sequence Tag) kifejezett sorrend címkék
EST véletlenszerűen kerül kiválasztásra egy cDNS klónból az 5 'végén, és 3' végén egy szekvencia szerezni egy részleges cDNS-szekvenciát a rövid képviselnek teljes genomját egy kis része annak hossza általában egy adatbázis, amely 20 és 7000bp, Az átlagos hossza 360 ± 120bp. EST bizonyos körülmények között a teljes mRNS egy szövet cDNS könyvtárat, így EST is magyarázza a szervezet a génexpresszió.
Technology Roadmap
Először is, a mintát kivont mRNS, az intézkedés alapján a reverz transzkriptáz oligo (dT) mint primer az RT-PCR-cDNS szintéziséhez, majd válassza ki a megfelelő hordozó cDNS-könyvtárat készítettünk minden egyes törzs leválogatás beszúrni mindegyik törzs fragmens klónozási helyek szerinti vektor primereket terveztünk automatizált szekvenáló egész idő alatt, ami a folyamat generáló EST szekvenciákat.Alkalmazás
EST terület kifejezés kódoló gének DNS molekula címke miatt az erősen konzervált szekvencia saját különleges jellegét, és a nem-expresszált szekvencia jelölés (például AFLP, RAPD, SSR, stb), nagyobb valószínűséggel, mint a család és a fajok korlátozások EST markerek távoli rokon fajok összehasonlító genomika és összehasonlító minőségi tulajdonság kapcsoltsági térkép információ különösen hasznos. Hasonlóképpen, egy olyan DNS-szekvencia hiányzik a megcélzott faj más fajok is fel lehet használni a fajra EST Genetikai térképezés hasznos, gyorsulás információt rokon fajok gyors átalakulás. Pontosabban, EST szerepe nyilvánul meg: ⑴ gyártásakor felhasznált genetikai térképek és genom fizikai térkép, ⑵ próbaként radioaktív hibridizáció, ⑶ a pozicionális klónozás, ⑷ annak érdekében, hogy megtalálják az új géneket, ⑸ mint a molekuláris marker, ⑹ használata a tanulmány a biológiai populációk polimorfizmus, ⑺ használni, hogy tanulmányozza génfunkciók; ⑻ segítségével gyógyszerek kifejlesztésének, nemesített fajták, ⑼ fejlesztését elősegítő gén chipek és egyéb szempontok. Éppen azért, mert ezek EST mutatott nagy potenciált, azt már teljesen kimerült és fejlesztés.
Tanulmány az emberi genom, van egy eltér a "teljes genom stratégia" "cDNS" stratégia, mind az intézkedés csak DNS-szekvencia átíródó gén transzkripciós termékének meghatározása reverz transzkripcióját mRNS komplementer DNS --- cDNA.cDNA Képviselő egy gént kódoló szekvenciát a fehérje. EST egy töredéke a cDNS, általában 200-400 nukleotid hosszú jobbra. Egy teljes hosszúságú cDNS-molekula lehet sok EST, de néha egy adott EST képviseli egy adott cDNS-molekula. Átfedő mindkét végén a EST konszenzus szekvencia lehet összeszerelni egy contig (contig), mindaddig, amíg a szerelvény egy teljes hosszúságú cDNS-szekvenciát, ez egyenértékű lenne egy klónozott gént kódoló szekvenciát. Az EST elhelyezve a genomban, a genom is lehet ábrázolni, mint a marker-szekvencia.
|
